艾莉丝深知寻找这三颗宝石的任务艰巨，但她没有丝毫退缩。她立刻与联盟总部取得联系，向议会汇报了这一重大发现，并请求总部派遣更多的舰队和科研人员协助寻找宝石。同时，她根据球体中记录的线索，制定了详细的寻找计划。

在接下来的日子里，艾莉丝带领着舰队穿梭于宇宙的各个星系之间，按照线索寻找能量宝石的踪迹。每到一个星球，他们都要面临各种未知的危险和挑战。有些星球环境恶劣，充满了致命的辐射和危险的生物；有些星球则被神秘的能量场笼罩，干扰着战舰的正常运行。

在一次探索中，他们来到了一颗被黑暗能量笼罩的星球。这颗星球上的生物都受到黑暗能量的影响，变得异常凶猛和狂暴。当舰队降落在星球表面时，立刻遭到了一群巨大怪兽的攻击。这些怪兽体型庞大，力量惊人，拥有强大的黑暗能量攻击能力。

艾莉丝和士兵们迅速投入战斗，他们利用先进的武器与怪兽展开殊死搏斗。在战斗中，艾莉丝发现这些怪兽虽然强大，但它们的行动似乎受到黑暗能量的某种限制，存在一定的规律。她指挥士兵们集中火力攻击怪兽的弱点，经过一番激烈的战斗，终于击退了怪兽。

在探索这颗星球的过程中，他们终于找到了第一颗能量宝石的线索。根据线索，他们在一个古老的遗迹中找到了那颗散发着神秘光芒的能量宝石。当艾莉丝触碰到宝石的瞬间，一股温暖而强大的力量传遍全身，她能感受到宝石中蕴含着时间的力量。

带着第一颗能量宝石，艾莉丝和舰队继续踏上寻找第二颗宝石的征程。经过漫长的航行和艰苦的探索，他们终于在一片神秘的星云之中找到了第二颗宝石。这颗宝石散发着幽蓝色的光芒，周围的空间仿佛都在它的影响下发生了微妙的扭曲，蕴含着强大的空间之力。

然而，寻找第三颗宝石的过程却异常艰难。他们根据线索来到了一个神秘的星系，这里布满了强大的能量风暴和各种未知的危险。舰队在这片星系中多次遭遇危机，战舰受损严重。但艾莉丝和队员们没有放弃，他们凭借着顽强的意志和精湛的技术，一次次化险为夷。

在一次深入星系核心区域的探索中，他们终于发现了第三颗能量宝石的踪迹。然而，宝石被一个强大的能量护盾保护着，周围还布置着各种防御机制。艾莉丝和科研人员们经过仔细研究，发现这些防御机制与神秘势力的技术有着相似之处。

他们推测，神秘势力很可能也得知了能量宝石的存在，并且试图抢先一步获取宝石。为了防止宝石落入神秘势力手中，艾莉丝决定立刻展开行动。她带领着士兵们小心翼翼地避开防御机制，利用科研人员研发的破解装置，成功突破了能量护盾，拿到了第三颗能量宝石。

三颗能量宝石集齐后，艾莉丝和舰队迅速返回神秘势力基地废墟附近的“时空之门”区域。在科研人员的协助下，他们按照远古文明留下的方法，将三颗能量宝石放置在特定的位置。当最后一颗宝石就位时，“时空之门”周围的能量发生了剧烈的变化，一股强大的封印力量开始涌现。

艾莉丝紧张地注视着“时空之门”，心中默默祈祷着封印能够成功。随着封印力量的不断增强，“时空之门”逐渐被一层光芒笼罩，最终消失在了众人的视野中。至此，神秘势力打开“时空之门”的阴谋被彻底粉碎，宇宙暂时摆脱了一场巨大的危机。

回到联盟总部后，艾莉丝受到了联盟人民的热烈欢迎和赞誉。但她知道，宇宙中仍然存在着许多未知的危险和挑战。她将继续带领联盟的科研团队和舰队，探索宇宙的奥秘，守护宇宙的和平与安宁，为联盟的繁荣和发展贡献自己的力量。