许多观点认为，毛文龙将权的极度膨胀与东江军镇军阀割据势力的初现始于天启年间的“移镇风波”。
所谓移镇，就是将东江军队移置于靠近关宁的海岛或者陆地，以便更好地与主战场犄角作战，其实质是否定东江军镇的战略地位和对后金的牵制作用。
移镇风波虽然始于天启六年，但是早在天启二年，就因接济困难有撤回毛文龙的言论出现。
如曾出使朝鲜的翰林院编修刘鸿训认为“毛文龙设法取还，或置之登，或置之关外，诚如苏道长议，但须陶公祖尽去其诚心而火速图之，庶几有济。不然文龙不为若敖之鬼，定为鲜人之啣贼之购，或以弗克，进退发愤以死，俱是理之所有”。（刘鸿训：《四素山房集》卷9《报孙司理》）
又如该年十二月，御史夏之令请撤回毛文龙，其理由是：
“毛文龙驻朝鲜，则我自不能接应，而登莱已危。我未能用文龙制奴，而奴先用文龙误我。窃谓文龙宜撤回也。文龙不惟不能牵奴，且多禆益奴。何也？
驱有用之兵，将翱翔于若顺若逆之邦，梓风沐雨，蒙犯霜露，迁延既久，疾疫将生，中国粹有事而不能召，海道猝有梗而不能归，朝鲜一旦闭其糴，绝其樵汲，而数万人可立堯也。
客其馆，食其粟，衣其布帛，淫其子女，岁月因仍，嫌怨易起，言语往复，仇恨日深，因以伤小国之心，而坚其择强之计。
奸细假接应为名，方舟并济，略无难阻，白衣摇橹，潜兵暗渡，尚欲导之，由庙湾捣淮扬，由永平海口袭天津者。
三方布置，熊廷弼之迂谈也，悠悠海滨，无风诈称有风，无寇捏称有寇，谁肯同心，踊跃前往。文龙之不能害，奴亦自知之审矣。奴非畏，文龙实畏，二千人绊之，敢正视镇江哉！
其未即来，则城郭宫室未完也，奸细之来关内者未尽得当以报也，我方以百万饵西虏，彼欲构之非倍此不可计，西虏固挟彼要我，亦挟我要彼，约，言未定，姑为踌蹰也。
文龙在朝鲜几二年，零级续报，举朝动色，皆奴酋之所掩口窃笑者也。恪养贞父子，二鼠耳，于彼国有何关系，贺世贤之一百四十级，不宣传四夷乎，而今何如耶？”（《全边略记》卷9《海略》）
夏之令的这一说法虽没有看出毛文龙袭扰后金招揽辽民的重要作用，但觉察到毛文龙不能牵制后金和久客朝鲜会引起的弊端，是很有远见的观点。
夏之令因此疏被革职为民，其后竟因此被逮杀，然继之者尚有人在。
天启三年六月，南京陕西道御史刘之凤上疏请议移镇：
“毛文龙海外孤旅，进捣之举，谭何容易，牵掣之说，似犹未的。
今所虑者，撤之而西，辽人无依。然辽人二万与神京左臂孰重，虎豹之威用之伏隅，与用之当关孰为得力？可否在彼久住，请下该部确议”。得旨却是“刘之凤如何又來渎奏，姑不究”（《明熹宗实录》卷35）
当时明廷没有撤退毛文龙，主要是指望敌后战场能起到牵制敌人的作用。
然而，自天启二年冬，毛文龙入据皮岛之后，有了半封闭的根据地和特意培植的军队势力，毛文龙的撤与不撤已非一厢情愿的事。正如光禄少卿岳元声所说：
“镇江初捷之时则为倖得倖失之文龙，镇江既屠之后则为若存若亡之文龙，皮岛未营之先则为可留可去之文龙，皮岛既营之后则为千虑万虑之文龙”，这些千虑万虑包括辽民的救济问题、联合朝鲜的问题、救援和供饷的问题，以及最重要的毛文龙忠诚问题：
“最可虑者，谓文龙性忠义其人耶？则今日尚方之剑，何殊苏武之节。文龙，臣乡人也。文龙而果至于此也，臣且当执鞭拜下风，何敢重疑之？
文龙而犹不免于中材晚近之末流也，万一兴师日费不支，仰天饥饿莫告，上无以答君父之命，下无以饱岛人之腹，酋奴乘间，袭香饵以招摇之，文龙于此生死难持，而進退维谷，疆场之祸有不忍言者”。（《两朝从信录》卷14）
事实证明，岳元声的担心并非多虑。如果说毛文龙一开始还是一个胆略过人、慷慨报国的奇男子，那么随着荣华富贵的到手而至，他的劣根性也逐渐地显现出来，欺罔冒功、专擅放恣、行贿权贵、贪利忘义、生活腐化等等当时普遍的武将弊习，在将权恶性膨胀、缺乏有效监督的情况下，越来越突出，越来越严重，毛文龙成为了明末武将腐化现象的缩影。
为了掩饰东江军镇的真实情形，以便更好地冒功、糜饷，欺罔朝廷，毛文龙使尽一切拙劣的手法。
如《朝鲜李朝仁祖实录》卷9仁祖三年六月辛已载，
义州府尹李堯启闻：“都督领兵三百余名，来自蛇浦，不入本府，设帐于五里程外。盖陈兵出入，若将有为，欲使诏使闻知”。
庚子载，“诏使还至蛇浦，毛都督盛张军容，皆以锦绣为衣服，旌旗弦耀人目，使诏使巡见，而其实疲军不练者也。其期罔天朝类如此”。
纸终究保不住火。宁远之战前夕，许多朝臣献议“檄毛文龙以掣奴肘”，熹宗下谕“仍飞骑传与毛文龙袭后搗巢，果能灭贼雪耻，朕岂爱通侯之爵以赉劳臣”。（《明熹宗实录》卷67）
但是指望越大，失望也越大。宁远战中后金一意西向，根本视毛文龙如无物，如果不是袁崇焕固守孤城，后金早已叩关，因而战后质疑牵制、请求移镇的声音接踵而至。
王化贞下狱后，“飞书越海，求救毛将”，毛文龙感于王化贞之恩，于天启六年初上疏请释王化贞，戴罪立功。
疏至，刚好是宁远鏖战之时，明廷对毛文龙的这种做法十分不满：“功罪原分两途，信赏必罚系朝廷操柄，毛文龙即使有功，岂得代人赎罪？况奴酋入犯，文龙全不知觉，牵制安在，辄敢言功？乃为失陷封疆之人求宥，藐视朝廷，是何法纪？念海外孤军，姑不究”。（《明熹宗实录》卷68）
显然，明廷已经严重质疑毛文龙牵制后金的虚名。
宁远之战的英雄袁崇焕首先提出了东江移镇之议，所谓“毛文龙宜檄居近岛，侦奴虚实，官减兵减，饷力自饶”。（《明熹宗实录》卷68）
兵部尚书王永光的题覆意见是，“毛帅与朝鲜近，与奴酋远，姑留以为虚声”，“上是之”。其意很明显，就是暂且搁置移镇问题。
阉党王之臣在上疏中说“毛文龙僻居海岛，人颇疑其无实”，这句话反映出当时舆论对东江军镇牵制作用的怀疑态度。
天启六年四月，边报后金整兵治械又欲倾巢西犯，这时移镇风波再起。
初七日，兵科给事中薛国观上疏：“奴酋鸾伏数载，毛文龙自信牵制之能，臣愚初意其或然，不虞今岁正月奴倾巢入犯，虽稍挫其锋，而攻围抢掠、逍遥内地者二十多日，略无踉跄返顾之意。迨班师而东，操演沈阳，复图再逞，一似不知有牵制者。
兹据塘报，尚叙去年十月间事，其于入犯情形概乎未闻，犹曰侦探最真，朝谋夕计，闻风扑杀者耶？
乞皇上责成文龙，专于牵制，上著精神，苟能制奴不敢西向，功自昭然于天下，倘不然者，徒零星擒解，漫无研审，何益于封疆大事哉？以后所获，不系渠魁，告献未可轻举也”。
得旨，“这本说的是，献俘前已有旨，非真正渠魁不得轻渎，今著登莱巡抚审实处治，不得滥杀无辜。至奴犯宁远，己经三月，毛文龙竟不知觉，何云牵制？
据所住须弥岛去奴寨二千余里，去宁远亦如之，远不相及，毛文龙当自己审处奏报，以图结局，勿徒以献俘塞责”。（《明熹宗实录》卷70）
初十日，兵部尚书王永光上疏称“毛帅鞭不及腹，急应檄赴近岛，厚集舟师，以成犄角之势”。熹宗“是之，命该部酌量毛文龙驻札要害之处，作速行与他，以便策应”（《明熹宗实录》卷70）
江西道御史牟志藥主张移镇旅顺，其理由是：“切近登莱，转输匪遥，一便；军中一切需用，贸易易致，二便；行师进止，与经略督抚诸臣往复商确无难，三便”。（《明熹宗实录》卷70）
蓟辽总督阎鸣泰主张移镇盖州套：“近诵圣旨，行令兵部酌量住扎要害之地。
臣数夜踌躇，莫如令文龙统舟师、屯水寨于盖州套。夫盖州一区，力山环抱，大海四旋，固全辽之心腹，而东西之枢轴也。国初马云、叶旺奸虏成功，即在盖套之连云岛。
今文龙所虑者饷也，至此则饷易运；所乏者器械也，至此则器械易给矣；所难安插者辽人也，至此则山东之矿利可专，而军兴且有所资矣；所难者在海面风涛照应不及，至此则矜带相连，呼吸互应，而音信已通矣。
北以连云一岛为门户，而南以兔儿、长生诸岛为家室，种种方便，尚难枚举。故与其虚挠背后，何如直刺胁窝；与其僻处殊方，何如俨居城内。文龙曷不计及此，而他是求也？
或曰文龙倘离东江，恐朝鲜一折而入于奴。不知王京千里，非易到之地。忠贞屡代，非肯二之人。而我水陆大兵，交集于此，为极要害之地，宜速移兵住扎于此，以图策应之便者也。伏乞敕下该部，再加酌议，即移檄毛文龙，令其相机进止”。（《明熹宗实录》卷70）
对于是移镇旅顺还是盖州套，兵部尚书王永光赞成移镇盖州套：“海外之师为牵制也，有须弥岛之退，又有攻掠海州之报，以牵奴者而牵于奴，文龙伎俩已穷。
台臣牟志夔请旨速撤酌定近岛，移驻旅顺，实实为联络策应之计，不意督臣早见，亦已及此也。
据疏，盖州套一区，阻山距海，控带东西，声息既连，接济亦易，大约呼吸进止，其便与旅顺等，而险要过之。于以外援宁前，内巩山海，与满赵二帅鼎足窥外，水陆并进，千载一时也。臣部即为飞檄督催，亥期勒报，如有观望逗留，即听督臣奏处”。熹宗同意兵部的题覆。（《明熹宗实录》卷71）
当时举朝倚重的辽抚袁崇焕，他的主张是与毛文龙从长计议，移镇宁近勿远：“毛文龙宜日近辽，不宜近鲜。
但移文内驻，不若留为外犄，水可泛棹三盆，陆可扬鞭四卫，朝廷折片纸呼之，跂可得也。师克在和，闻不如见。
欲文龙为用不足，令其自用。且遣人与文龙从长商确，择便移居，宁近毋远，宁速毋迟。
皇上第限以期，不必坐以地方，候驻札定、收聚完，臣且立会哨法，俾舟师往来，以熟海道”。显然，袁崇焕的观点是让毛文龙有更大的自主性。（《明熹宗实录》卷71）
明廷同意袁崇焕的观点，故袁崇焕差官练兵游击赵佑、车前营参将徐敷奏前来皮岛，欲与毛文龙商量移镇之事，并馈送毛文龙粮米、甲械以为慰安。
移镇一事本关国家利益，商量而行并非不可，但是毛文龙完全不加考虑，为了反对移镇，采取了以下四个手段。
第一，栏阻关、宁遣使。
赵佑一行人航船前来，毛文龙竟然派人将其栏阻在石城岛，并千方百计不让赵佑等人前往朝鲜。
赵佑山东人，武举出身，曾任胶州镇抚，天启元年加衔守备，奉命航海护送朝鲜进香使者，并迎回明朝颁诏使臣，“仍命相机往岛，招抚东山之民”。
返回后，赵佑加衔游击，先后在孙承宗、袁崇焕帐下任事，天启六年六月袁崇焕升补为总兵标下练兵游击。
此行受命而来，但竟被毛文龙擅自斩杀。
赵佑被杀所为何事，史籍中并没有记载，只有朝鲜记载流露些微。
如《朝鲜李朝仁祖实录》卷14仁祖四年八月辛亥载，宪府启曰：“今此赵佑之死，机关甚重，而亦不为详探，以启日后之事”。
癸丑载，备边司启曰：“而赵佑之死，闻于天朝，则必将益激其变”。
丙辰载，右议政申钦曰：“赵佑已死，徐敷奏即逃还中原，必有处置之事”，副提学郑经世曰：“臣意文龙情状已著，而徐敷奏逃还，亦以赵佑之死而然也”。
卷21仁祖七年七月丁亥载，左参赞郑经世曰：“毛将之擅杀赵佑，亦可诛也”。
可见，赵佑之死、徐敷奏的逃还很可能是因为同一件事。
徐敷奏逃还事，据毛文龙揭称“独幸辽东部院袁崇焕念切同舟，疏遣都司徐敷奏会哨商榷进剿至计，讵知徐敷奏图入高丽之愿不遂，辄不体上台本意，不谙军中机宜，带船五十余号，各岛停泊，执旗谣称奏旨接渡辽众，以就大粮大饷。愿去关上者，即现给予粮米，官去加升，兵去厚赏”，“满载去者无数，及有由陆奔窜被虏截杀者亦无数”，又称东江有兵将西逃，“众口供吐与徐敷奏有约逃去”。（《东江疏揭塘报节抄》卷5《天启六年九月口日具揭》）
天启七年二月，毛文龙又称“如徐敷奏者，上年乘海外粮饷断绝，人心易摇，借名会哨，声言宁远、榆关每月兵给大米一斛，银二两，皇赏不时，私与辽将血盟，停舟各岛，招去壮丁二万余名，仍诱各将乘机而逃”。（《东江疏揭塘报节抄》卷6《天启七年二月十六日具奏》）
然而朝鲜人的说法却与毛文龙截然相反，《朝鲜李朝仁祖实录》卷仁祖四年十二月甲子载，备边司启曰：“且诏使奏本中徐敷奏所载辽民，皆以为出于自己，不悟其如见肺肝，殊可恶也”。
即使后来极诋徐敷奏的梁廷栋也称“奉差私带难民，为毛文龙所参”。
可见，徐敷奏擅自载回是有可责之处，不过所舟载的正是那些奄奄一息的饥寒辽民，这在道义上没有什么不对。
但是毛文龙却诬陷他招诱辽兵，又诬陷招去壮丁二万人，毛文龙自己说来船只有五十只，在当时的海运条件下就算是大辽船一艘也只能“载百余人”，总共最多也只能载五六千人，而毛文龙却说二万人。
又诬陷徐敷奏招诱辽将西逃，这显然是将无关之事也归过于他。后世有些人轻信毛文龙的话，竟执此以指责徐敷奏与袁崇焕。
毛文龙之所以对徐敷奏舟载辽民反映这么激烈，并擅杀赵佑，很大程度上是因为他将辽民当做自己的财产，宁愿让他们饿死也不愿他们回归内地，有了辽民他便有了敛利自奉、虚兵冒饷的冠冕堂皇的理由。
毛文龙下令这些屯种的辽民“止许载往，不许载回”。朝鲜人屡屡请求辽民就食中土，毕竟“来归辽民，本为求生之计，而贵镇既不能赈救，若不许就食山东，是辽民之死，贵镇实致之，得无不安于贵镇之心乎？为贵镇计者，莫如留其兵而送其民，以为长大之策，贵镇何补熟思而处之”，但是毛文龙“不许入送”，在朝鲜人看来“其意在于托以辽民多集，请粮皇朝，以为自奉之计也”。（《朝鲜李朝仁祖实录》卷9）
崇祯二年六月，袁崇焕称毛文龙“拘锢难民，不令一人渡海，日给米一升，令往北地掘参，屡遭屠杀，其畏死不往者，饿死岛中，皮岛白骨如山，草菅民命，九当斩”。这话一点都没有说错。（《崇祯长编》卷23）
第二，让朝廷的阉党同伙为其说话。
如丰城侯李承祚上疏力阻移镇：“近阅邸报，见有毛帅移镇之议，但铁山一移驻，则朝鲜孤弱，为奴所逼，势必兼并，奴愈无顾忌矣。
况铁山民、兵共集七八十万，安居既久，一议移，恐奸民召乱，祸生不测，安可不长虑也。既谓在铁徒费粮饷，则移之盖旅亦岂能空腹战乎？是则在控奴有法，不在多一番移镇，反多一番摇动也。惟祈阜上敕命一风力重臣往助文龙，监其军饷，督其进兵，报仇复地，相机而行可耳”
李承祚之所以不愿毛文龙移镇是因为此事涉及到包括他个人在内的部分人的经济利益。
当时为了毛文龙通商召买之事，海禁大弛，许多达官贵人和奸商“假东镇为名”，利用关系渡海航至后金南卫之地，夹带彼中稀缺的锻布、火药、铁器等物，与敌互市“希图重利”，如若毛文龙一移镇就会无利可图；另一方面，毛文龙常常用朝鲜贸取的参、貂、贿赂朝中权贵，如若毛文龙一移镇则利源断绝。