袁崇焕斩杀毛文龙这震撼一时的历史事件产生了广泛的影响。
首先，拔除了威胁明朝东北边疆安全的隐患，沉重打击了东江的离心势力，使明廷权力得以控制东江。
其次，以铁血的手段遏制了东江恶性膨胀的将权，此后虽然出现了相互攻杀的情形，但是“将权益卑”，继任者的威势完全无法与毛文龙相比，东江也就没再出现敢于与明廷对抗的跋扈武将。
再次，改变了自天启元年以来正面战场和敌后战场各自为战的局面，统一了两大战场的指挥权，为两路出兵的复辽计划提供了可能性。
最后，斩杀了有种种不法的乱帅，严肃了东江军纪，革除了毛文龙时代的种种虐政，这既遵行了军法，也维护了朝廷的纲纪，使作恶者得到应有的惩罚。
而实现以上的积极影响，只是付出了斩杀一帅的代价。
斩帅之后，东江镇中的毛文龙亲信虽然汹汹欲乱，但是在袁崇焕的宣慰之下，波涛不惊，整编了东江军队，清理了东江粮饷，东江大权也顺利地转移到袁崇焕支持的刘兴祚兄弟手中。
在斩杀毛文龙的过程中，袁崇焕虽然有一些不尽如人意的地方，但是他以督师之重，深入扈帅军中而处之泰然，事先做齐一切准备，并随机应变，授计杀帅，掌握其生死于掌中，斩帅之后又安抚其手下的骄兵悍将，轻松地易置其亲信将领，做到控制权的顺利过渡，个中的手段和胆略着实令人叹服，可以说是袁崇焕辽事生涯的一大杰作。
即使是袁崇焕被定案惨杀的崇祯三年秋，赵维寰仍然说：
“夫毛帅之当斩，非独在犄角无功也。
昔天启朝，曾假逆芳谩书，直达御览，书中自称毛大将军，而以弃明投暗语指斥先帝，尔时无上之罪固已不胜诛矣。
迨登海扬帆，震惊内地，而帅之本谋尽见，此而不诛，是无国法也。
诛之，势不能系之阙下，不得不谋之海外，谋之海外，呼吸安危，间不容发，而必责以请命，是又无兵机也。
崇焕伎俩，自宁锦再捷后，此役尤为见奇，嗡张卷舒，种种合法，弄逆帅于股掌之上，而一军贴息，莫之敢哗，将略真有大过人者”。（赵维寰《雪庐焚余稿》续草卷1《议斩帅》）
正因如此，毛文龙被杀后，当时“通国快然”，“天下称快”，“众咸快心”，“众口附和，视为奇举、“议者皆以为功”，几乎异口同声地为斩帅叫好，盛赞袁崇焕有古英雄豪杰之风。
同时代杰出的军事家孙承宗、茅元仪也对袁崇焕的斩帅给予高度评价。
孙承宗于袁崇焕被杀之后曾作诗“东江千古英雄手，泪洒黄龙半不平”，就是说斩帅一事是英雄手笔，袁崇焕蒙此罪而死是有所不平的。
茅元仪听闻斩帅之事，作诗云“东来消息渐闻真，可为吞胡志欲申。木叶城边明律令，梨花枪底失精神。九年兴废如痴梦，一日权豪失贡臣。只怪无双称国士，如何借绯饵他人”，即认为袁崇焕斩杀毛文龙是规复辽东、严肃军纪的国士之举，但是对袁崇焕借用宋献为东江饷司以迷惑毛文龙有所微词。
茅元仪更视斩帅一事为崇祯圣政，所作《述圣》诗十首其三云“一杆黎花作镇东，不名久己踵桓公。宋家不解君王意，不待新塘始奏功”。
下注云“江东帅毛文龙擅兵海外，先朝诏旨久矣不名，畏上威灵，为督师所戮，不敢动”
当时人之所以会有这样的反应，正是因为毛文龙已经成为封疆大蠹，所谓“识者无不谓其疆场之蠹”，以种种不法挑战朝廷纲纪，引起公愤，所谓“朝野人人痛恨”，“毛文龙功罪本末，举朝共知”。
有些不明毛文龙不法罪状的人，受惑于毛文龙的牵制之名，对袁崇焕的杀帅是有质疑的。
如王思任在致茅元仪的信中称：
“顷见袁督师赚杀毛帅，此朱亥伎俩也，谁为画此策者？毛帅在诸岛中，不知海外情形，不审牵制果否得力。但以私臆度之，帅即无功，亦似无罪。
贪悍二字，乃将官本等。况招商屯种，亦是着数利之所在，精神血气往焉。何以忌为働之？”（王思任《简茅止生》）
这个说法代表着当时人对斩帅的一种异论。
而有的人出于同乡之情更因此欲上疏弹劾袁崇焕。
如崇祯二年正月曾经上疏为毛文龙诉苦的工部主事徐尔一于该年九月，“奏袁崇焕前后奏对，多相谬戾，且数其矫沼斩文龙，罪大不道，设十问诘之，留中”。
《甬上耆旧诗》卷27《知事庄天目先生学曾》云“时经略尚书袁崇焕袭杀岛帅毛文龙，先生上疏劾之，所司匿其疏不为上”
又《闽中理学渊源考》卷76《宗伯林平養先生欲楫》载“怀宗立，升礼部尚书掌詹事。朝议诛毛文龙，力言不可，与阁忤，假归三载，召修实录”
这种异议的存在是必然的，因为袁崇焕的斩帅确实存在不小的问题。
首先，毛文龙当时虽然跋扈不臣，但是反行尚未显露，很多人认为毛文龙只是糜饷无功、跋扈不受节制，他们并不清楚毛文龙的种种不法，而袁崇焕本人与毛文龙向有嫌隙，他施加于毛文龙的十二斩罪有些罪状罪不至死，有些则根本称不上罪状，这就形成了一种舆论，认为袁崇焕杀帅理由是不充分的，属于公报私仇。
而且，更令他们惊骇的是，袁崇焕没有事先请旨，也没有绑献朝廷处置，而是擅作威福，越权逾制，私下定计诱杀毛文龙，这种做法是破坏朝廷决策、执法程序的始作俑者，日后如果有人效尤，那么朝廷纲纪必然大乱。
即使是受毛文龙侵害的朝鲜人对袁崇焕的擅杀大帅也颇有微词，如崇祯二年七月，鲜王说“以堂堂中国，诛杀一将，有何难事，至于行计招往，密谋诛之耶”
九月，朝鲜文科初试以“拟皇朝督师袁崇焕谢，不治擅诛毛文龙之罪，仍赐奖誉”为题，这样的出题如朝鲜人说“藩邦陪臣，乃举经略姓名，以擅诛等语，出题于科场，传播远迩，经略闻之，其心安乎”
正因如此，斩杀毛文龙一事，使袁崇焕蒙上了擅杀大帅的过错，袁崇焕也为自己的做法深感不安。
他屡屡强调自己是为复辽和军纪而斩杀毛文龙，并宣誓将践行五年复辽来赎洗自己的越权之过：
“然皇上宽职，职终不敢自宽也。专诛何事，而自职开之，万一后又矫命雄行，以不利疆场者，将以职为嚆矢。
是皇上即赦职一时，职终无逃于千古，计惟有践五年之约，平奴自赎。
他日论功，职正赎死而不受赏，则万世之下知职所以杀文龙者封疆之故，则皇上今亦为封疆容职。
皇上为千古会期，职亦叩无深渥，岂不太平盛际哉？谨斋心再请，伏乞圣断施行。”
他更铿锵有力地宣言：
“臣五年不能平奴，求皇上亦以诛文龙者诛臣”。
这就将自己的生死寄托在五年复辽的成败，如果五年可以复辽，那么崇祯不会计较袁崇焕的擅杀之过，如果五年复不了，那么崇祯将追究袁崇焕的罪过，斩帅一事也就有翻案的隐忧。
更甚者，毛文龙生前负有牵制之名，如果敌人在毛文龙死后前来，人们将怀疑是由于斩帅的缘故使牵制敌人的力量没了，这样斩帅一事必不可免会遭到他人事后的非议。
如崇祯二年七月，巡关御史方大任所担心的那样：
“但职于此犹有过虑焉。盖文龙未死，无牵制之实，而有牵制之名。
今恐我未前，而敌先来，人将议其后矣。文龙未死，无死敌之功，而又制敌之任。
今恐我前呼，而敌后应，人又将议其后矣。
袁崇焕之益宜竭力也，如曰五年不结，即以诛文龙之剑自诛，岂忍言哉！
伏乞皇室益励崇焕，毋以擅诛文龙而引嫌，诛一文龙，而崇焕之局更宜早结。毋以已诛文龙而自满，诛一文龙而崇焕之任更益重大”。（《东江遗事》卷上《援辽功绩》）
方大任的说法并非过虑，己巳之变的发生和毛文龙案的反复正如他所预料的那样。
方大任没有提到的一点是袁崇焕的斩帅也遭到了朝廷中毛文龙党羽的忌恨。
毛文龙累年向朝廷显贵贿赂参貂，早已形成枝蔓甚广的利益集团。
袁崇焕申严海禁使毛文龙党羽失去走私的利窦，斩帅之后，他们再失贿赂的来源，因而他们非常仇恨袁崇焕。
毛文龙死后，其余孽散走都下，与毛文龙党羽联合，形成了反袁崇焕的政治联盟，他们到处散播谣言，中伤袁崇焕，企图为毛文龙平反。
袁崇焕在毛文龙逆形未著的情形下，逾制擅杀大帅，并宣誓以五年复辽来弥补自己的过失，这就给袁崇焕的个人命运埋下了严重的隐忧。
当时袁崇焕的部属何可纲对他说“生文龙，天不幸；用文龙，朝廷不幸；杀文龙，公不幸”，即是此意。
而毛文龙案之所以会反复很重要的一个基础，便是毛文龙其人虽非正人善类，但他并不是无功有过、十恶不赦的大罪人，天启年间他的抗金斗争是有大功于明的。
崇祯初那种*****文龙的倾向并不符合事实，袁崇焕拟定的毛文龙十二斩罪，完全抹煞毛文龙之功，简单地归恶毛文龙，这本来就属过分之举。
在崇祯和东林内阁的支持下，袁崇焕可以压制朝野的质疑声音，使自己擅杀之过免于究责，但是这一切的支持都是建立在五年复辽的协议之下。
在斩帅一事上，崇祯给予了袁崇焕最大的包容，他对袁崇焕的隆恩也蕴含着对五年复辽的责效，如果袁崇焕不能履行承诺，奏复辽之绩，那么此前对斩帅的支持会被通通推倒，而反过来追究袁崇焕的擅杀之过。
袁崇焕是不幸的，斩杀阻碍复辽的毛文龙，整编东江兵马，两路出兵的作战计划已经具备可行性。
袁崇焕不主张东江兵困守海岛，他准备将其移镇，“用岛兵于陆”，如他在给鲜王的咨文中说“其东江一师，拨令西徙，以图进取”，很有可能是将大部分兵马移至盖州套。
为此，他又开始组建东江骑兵营，“设马设料”。由于战马急缺，所以直至崇祯二年九月，袁崇焕还在上疏请饷买马。当时的辽东前线，宁远、锦州、山海关有袁崇焕、祖大寿、赵率教、何可纲等名帅良将坐镇，东江军镇则有矢忠于明、了然敌情的刘兴祚兄弟控制，可以说是极一时之选。
两大战场事权高度的统一，指挥协同的问题得到很大解决，所需要的只是足够的时间来补充战备、训练兵马、积聚力量，等到时机一到，宁锦兵与东江兵一正一奇，犄角作战，更迭进取，当时的辽东战争还是存在着变数。
为争取备战的时间，袁崇焕力主和后金议和，以为缓兵之计，当时皇太极迫切地愿与明朝议和互市，如果议和达成是有利于明的。
但是崇祯和明廷的阁部大僚都反对议和，这种战略上的短见使得袁崇焕的计谋不行，而皇太极得知明廷内部反对议和的占据绝大多数，议和已经不可能实现，于是决定发动侵明战争以为报复。
皇太极的先发制人和袁崇焕在蓟镇防御、碦喇沁朵颜部上的失策最终促成了己巳之变的发生，破坏了他苦心经营的成局。
毛文龙被杀三个月后，即崇祯二年十月下旬，后金与蒙古属部的联军在皇太极的率领下，绕过关宁锦防线的侧翼，取道蒙古高原，直抵蓟镇边外。
龙井关、大安口很快被攻破，不久重镇遵化也陷落。
袁崇焕率关宁兵星驰至蓟州防御，婴城固守，却没料到敌人绕过蓟州，向西进攻北京城。