袁崇焕得知后，心急如焚，日夜兼程，回救京师，在广渠门与左安门与后金军血战。

十二月初一日，袁崇焕奉旨召对于平台，崇祯厉声“问以杀毛文龙，今逗留何也”，遂被逮下锦衣卫狱。

袁崇焕的下狱给阉党余孽和毛文龙党羽提供了反攻倒算的良机。

早在毛文龙被杀之初，“文龙私人在都者”早已四处活动，煽惑人心，他们“广布流言”，声称袁崇焕是出于个人恩怨而斩杀毛文龙。

后金入口之后，他们屡屡扬言“文龙不杀，建虏未敢深入。崇焕欲与和，反受其间”，“以图复仇”。

当后金越蓟州而西，袁崇焕赶在后金前面抵达北京城下，他们又说“袁兵在前，奴兵在后”，是因为袁崇焕“将引敌胁和，以为城下之盟”。

袁崇焕又请入罗城休兵，一时“谗口益力”。

这种种恶毒的遥言，正如赵维寰所说，“皆逆帅孝子慈孙痛香饵之不再，而造是以突惑妇穉也者，须眉丈夫乃亦为所惑耶？”

在毛文龙党羽的煽动下，有些不明真相的正人善类也受其盛惑，结果“其私言者私，其公言者亦忘焉其非公也。于是乎为文龙讼冤者有之矣，复官者、请恤者纷纷矣”。

阉党余孽仇恨定逆案的钱龙锡，“以为不杀崇焕无以杀公，不以谋叛无以杀崇焕，不为毛帅颂冤，则公与崇焕不得同罪。于是出间金数十万，飞箱上下，流言小说造作端末，不特烈皇证其先入，朝野传告亦为信然”。

逮治袁崇焕后，崇祯宣谕各营援兵和督师的孙承宗，只是强调己巳之变中袁崇焕的军事失误，并未提及斩帅事。

但是毛党、阉党马上执以为词，将议和与斩帅联系成一事。

十二月十六曰，阉党余孽江西道高捷上疏极诋袁崇焕与钱龙锡，以斩帅为两人之罪：

“崇焕之杀毛文龙也，龙锡密语手书，不一而足，即崇焕疏中亦有辅臣龙锡低徊私商之句，见在可券也。

夫文龙当斩，事关军机，崇焕入朝奏对，何不预请密旨？

崇焕出海阅视，何不飞驰蜡封？

而身处揆席，恭预密勿之龙锡，又何止闻私寓之低徊，不闻文华之商确也？

总之，欲外示专制，内胁至尊，因以渐成款局。

两人阴谋诡计，目中安知有皇上乎？

且臣又闻崇焕与罪枢王洽私书，言‘屡欲求款，庙堂之上，主张已有其人。文龙倘能协心一言，自当无嫌无猜’。

不知崇焕所欲文龙协者何心，一者何意耶？

崇焕效提刀之力，龙锡发推辨之谋，应手而办，莫逆于心，宜乎龙锡今日皱眉疾首，而不得不作同舟之救也”。（《崇祯长编》卷29）

高捷的奏疏发展了毛党散布的谋款杀帅、斩帅践约说，他抓住袁崇焕致兵部尚书王洽信中论及斩帅、议和的话，断章取义，附会牵连，认为袁崇焕力主议和，毛文龙作梗不从，故袁崇焕杀毛文龙以示信后金，约为城下之盟。

让袁崇焕处境更为不利的是刘兴治在皮岛的兵变。

刘兴治是袁崇焕所任用的摄领皮岛西协的参将，此次兵变又留给反对者口实。

与袁崇焕有私人恩怨的兵部尚书梁廷栋，乘机题请以斩帅事定袁崇焕斩罪：“迨夫逆酋以纳款愚崇焕，而必杀文龙以取信。崇焕以碍款图文龙，而引敷奏为主谋

……仍以专杀文龙正崇焕罪，立付西市，且不必言为款为叛，致奸人挑激有所藉口，则逆奴之谋既拙，辽人之心亦安”。

有些人则认为毛文龙无罪被戮，袁崇焕斩帅逞私，岛兵作乱是因为思念故帅毛文龙的缘故，建议用其子毛承禄镇定戡乱。

如崇祯三年五月，兵科给事中陶崇道称“即如东江先帝时，不早讲求，而使崇焕借以行其私，毛文龙无罪就戮，当时尚有昌言誉之者

……今闻岛兵又已告变，夫既不地之于先，将何法善之于后，臣谓岛师以思故帅而起，则文龙之子承禄现在都门，可使以片语定之，但宜速不宜缓耳”。

得旨“东江戢乱事宜，兵部速议以闻”。（《崇祯长编》卷34）

六月，兵部尚书梁廷栋覆疏称“若东江一事，盈廷之议，谁执其咎。

平心而论，文龙即可杀，而崇焕非杀文龙之人，崇焕即不杀文龙，亦无所逃于失陷封疆之罪。

至于所用之将可不可，判然各别，又不必从文龙、崇焕起见也。

近闻刘兴治之报，臣部原议有能定其变、抚其众者，即以大将印佩之，科臣谓文龙子承禄身为副将，久历行间，现在都门，知之必实，应令仍归守岛，听枢辅酌量委用可也”。（《崇祯长编》卷35）

崇祯三年五月，明廷收复了关内失地，始对事变责任人袁崇焕进行清算，斩帅一事逐渐成了袁崇焕的罪名。

八月初四日，山东道御史称：“去辅钱龙锡主张袁崇焕斩帅致兵，倡为款议，以信五年成功之说，卖国欺君，秦桧莫过。

当龙锡出都，细软数万，皆崇焕马价寄之伊亲锦衣卫指挥徐本高家，巧为钻营，使皇上法不得伸。

乞敕问刑衙门从实严讯，崇焕曾否通书，龙锡曾否主谋，则擅权主款，罪状自不能掩矣。

得旨“崇焕擅杀逞私，谋款致敌，欺藐君父，失误封疆，限刑部五内具奏。龙锡职任辅弼，私结边臣，商嘱情谋，互蒙不举，下廷臣佥议其罪”（《崇祯长编》卷37）

八月十六，崇祯磔杀袁崇焕，并在平台召对宣谕其罪状：“袁崇焕谋叛欺君，结奸蠹国，斩帅以践虎约，市米以资盗粮，既用束酋，阳导入犯，复散遣援师，明拟长驱，及戎马在郊，顿兵观望，暗藏夷使，坚请入城，意欲何为，致庙社震惊，生灵涂炭，神人共忿，重辟何辞”。

擅杀逞私、谋款杀帅、斩帅践约正式成为袁崇焕法定的罪名。

支持袁崇焕杀帅的辅臣钱龙锡，则被削职论死，后减等戌边。

而之前上疏盛赞斩帅的科道官“皆罢斥”，毛羽健、毛九华、王应斗更被判以谪戍。

崇祯对毛文龙功罪一直了然于心，他虽然顺应“斩帅践约”的朝议，将擅杀大帅作为袁崇焕的一大罪状，但是他并不认为毛文龙罪不当诛。

当毛文龙党羽藉袁案订立之际，为毛文龙翻案，马上遭到崇祯的训斥。

崇祯三年六月，“前东江副总兵毛承禄诉父文龙之冤”，声称毛文龙十年来“种种奇绩，未易悉数”，不幸“隅命于逆臣之剑銘”，崇祯“不听”。

崇祯三年十月，东江游击周文煌疏请毛文龙恤典，崇祯的旨意是“文龙历年糜饷，牵制无功，文煌岂得借端渎奏，本当究处，姑念愚弁从宽，其文龙骸骨准亲人领埋”。（《崇祯长编》卷39）

可见，在崇祯看来袁案和毛案是两码事，不能因袁案的订立而为毛案平反。

正如赵维寰所说：

“夫上而信以毛帅为不当斩，何东江请恤之疏至，而严旨切责，不少假借，如曰‘毛文龙糜饷百万，掎角无功，何得乘机，妄称忠义’，天语煌煌，读之犹足慑逆魂于既死”。

程本直也说：“犹幸皇上之圣而明也，一则曰‘文龙有应得之罪也’，再则曰‘不得藉口于崇焕也’。是则文龙之杀，文龙之罪也，而非崇焕罪也”。

也就是说，对于袁崇焕的斩帅，崇祯介意的是他的擅杀，而不是妄杀。

崇祯之所以利用毛党制造的斩帅践约的罪名施加于袁崇焕，其原因在于对袁崇焕五年复辽欺君的憎恨，他因为以通敌谋叛的罪名严惩袁崇焕缺乏说服力，故以斩帅践约的罪名来加甚其罪。

这样的做法造成的后果是斩帅和议和原本无关的两案被人为裁定为一，毛文龙的乱帅形象反倒从此逆转。

如赵维寰所说“自擅斩二字入爰书，而政扈巨奸反为生色，秉钺大吏黯然无光。今而后，危边悍将脱有踵逆帅之故智而起者，更谁为之制其命也”

他建议将爰书牟款中去除斩帅一字，不然“援擅斩为口实者，恐徼旌恤不止，而尊悍帅为忠良，以兵机为矫制，即崇焕之目亦岂肯遽瞑地下目也”。

不出赵维寰所料，袁崇焕“斩帅践约”罪名的钦定正是造成日后毛文龙案反复的主要原因。

在强大的官方舆论的诱导下，明人几乎众口一词，津津乐道、绘声绘色于描述袁崇焕如何如何为议和与后金合谋杀帅，毛文龙种种当诛之罪状遂为人们所不知，有的人甚至反过来夸赞毛文龙如何如何贤能，比袁崇焕杀毛文龙为秦桧杀岳飞。

其实，当时袁崇焕正大光明地力排众议，主张和谈，其实质只是缓兵备战之策，而当时毛文龙与后金交结来往、藉敌为利，即毛疏揭亦言与后金和款，显然不可能有袁崇焕担心毛文龙泄露其计之事。

对此，孟森有一段精彩的评论：“乃至北都既覆，弘光之朝，正人君子，尚理崇焕通敌胁和之说，津津而道，若情事逼真。

此则明统一日不绝，崇焕功罪一日不明。

天启朝实录中，多有毛文龙之罪状；至归恶崇焕以后，反以文龙为贤，谓文龙为建州所深忌，非杀文龙必不能取信于建州。

夫而后崇焕之杀文龙，乃与通敌胁并为一事。此不必佥邪为是言，贤者亦为是言，是可恫矣”。

直到清修《明史》，反间计出，袁崇焕得到了平反，套在他身上的“斩帅践约”罪名被解除，毛文龙案因而出现转机。

在武英殿本《明史》中，《毛文龙传》附于《袁崇焕传》中，主要是因其事迹紧密相涉。

传中述及毛文龙称“顾文龙所居东江形势，虽足牵制，其人本无大略，往辄败衅，而岁糜饷无算，且惟务广招商贾，贩易禁物，名济朝鲜，实阑出塞，无事则繁参贩布为业，有事亦罕得其用”。

论及袁崇焕斩帅，以《东江始末》及当时邸报为据，摈弃了明清易代之际流行的种种“斩帅践约”的谬说，但又说“然岛弁失主帅，心渐携，益不可用，其后致有叛去者”，结论是“崇焕妄杀文龙”。

《袁崇焕传》沿袭了崇祯初的糜饷无功说，对于毛文龙的种种不法不甚了了，认为袁崇焕斩帅的理由是不充分的，且因为后来的孔、耿之叛，对袁崇焕的斩帅有否定的意味，故持妄杀之论。

作为权威的官方正史，《明史》的影响很大。

在袁毛功罪的问题上，它既批毛牵制无用，又指袁无罪妄杀的中立立场，不仅不能调停袁毛争论，反倒使争论愈演愈烈。