“这几条怎么了?”祁旻问道。
“你等会儿,我这儿正在给你发结构预测结果。”柯栎说道,“行了……你看这几条玩意儿,怎么长得这么奇怪呢?”
祁旻点开他新发的压缩包,打开了其中一条序列对应的预测结果图。这RNA的确长得够怪,其实有一部分看起来好像还挺规则,但剩下的部分简直像是压根儿无法形成稳定二级结构一样。
“你这是mRNA吧?”祁旻问道,“你是不是忘了除mRNA了?”
“不会吧……我是用的别人TRIM好的数据。”柯栎犹豫地说,“怎么除mRNA?”
“你把序列MAP回基因组上,再把MAP到编码区的部分都删掉就行了。”祁旻说道。
“哦……”柯栎似懂非懂地答应了一声,又问道,“但我这个应该是已经除过mRNA的数据了,rRNA和tRNA也除过了。”
不是mRNA又应该是有功能的RNA,但是二级结构近乎无定形……祁旻突然想到:“你没去内含子吧?”
真核生物存在RNA的剪切,某些具有功能的RNA在体内是剪切之后才能发挥作用的。这剪切之前的RNA和剪切之后的RNA二级结构当然会有所差异。
“你等等……”祁旻在Jupyter上开了一个新PY文件,导入柯栎给她的这十几条序列,用已有的基因MAPPING包把它们MAP到人类基因组上,果然发现其中好几条都MAP到了同一位点上,只不过有的缺了这几段儿,有点缺了那几段儿,显示出它们事实上是处于剪切过程不同阶段的同一功能性RNA的前体。
祁旻把结果发过去,柯栎一下儿就看明白了:“哦……原来这都是前体啊。”
看来他虽然在信息学技术方面不太在行,但生物学的基础还是有的。
“真太谢谢了……若不是你,我还真看不出来这到底哪儿出了问题。”柯栎连忙道谢道,“对了……我这个结构预测占不了多少计算资源,用实验室自己的主机跑代码也一样,要不你把我的号也拿去用吧——我老板对自己实验室的人特大方,我们实验室的号能优先用5%呢。”
5%这个数值听起来不大,但对于“雨云”的总计算能力而言,这也是相当可观了。而且对于祁旻现在正在用的35%而言,5%也是七分之一呢。
“那我就大方用了。”祁旻笑着说道,“到时候我发了SCE,致谢里得单给你另起一行。”
“那是,要是我这个课题发了NATURE,肯定也得着重感谢你啊。”柯栎也笑道,“礼尚往来嘛。”
“要不你等我先发了SATURE。”祁旻开玩笑道,“咱俩这文章发表时间稍微错开点儿,免得媒体报道起来赶不上趟儿。”
一般人都是“学术互吹”,他们这个“学术自夸”还是挺让人觉得新鲜。实验室里两个一年级新生听到祁旻这么说,忍不住在一旁笑起来。
祁旻挂了微信通话,对正坐在自己位置上憋笑的陈林友和王馨开玩笑道:“你俩别嫉妒人家。我能不能发SCE先别说,你们在这实验室好好干,要是我真发了SCE,那肯定带上你俩的名字。”
“谢谢师姐!”两个新来的博士生立刻点头。
王馨还接着开玩笑道:“师姐你再说一遍,这我得录下来做证明。”
“做啥证明,我能直接给你写个条儿,一目了然。”祁旻故意说道。
这听起来很大方,实际上仔细想想,也不过是实验室PI发文章带上学生的常规操作。再说,毕竟陈林友和王馨这俩也算是她这个类脑体课题组的成员了,课题发文章肯定得带上他俩。