六月，叶梦熊从甘肃运去神炮火器四百车，征调苗兵，浙江巡抚常居敬亦募浙兵千余人，自备粮饷赴援。诸堡次第收复，惟宁夏镇城（今银川）屡攻不克。于是官兵分为五路并逼城下。

继之，梅国桢、李如松统辽东、宣大、山西兵至，军势大振。六月二十五日官军用布袋三万个，盛土登城。官军又乘势环城筑堤一千七百丈，决水灌城。并击退城外套部援兵。城中粮尽，死者相枕，纷纷要求哱拜投降。

九月初三日浙兵、苗兵、庄浪兵俱云集城下，官军使间计致使承恩与刘东祐等人互相残杀，然后调集各军奋勇登城，哱拜仓皇自缢死，全家自焚。叛军覆没。

十一月十二日，承恩及其党被斩于北京。十二月初八日，以宁夏哱拜平，诏告天下。起义，最后，仍然也白莲教起义落败而告结束。

广东始兴县僧人李圆朗在朔源下洞水宝庆庵，“造妖书，煽动人心，言有易死还生，先天演禽及剪纸为人马，夜则飞动并飞劫杀人诸秘法。诡称翁源人王子龙为黄巢之后，有巢遗金十二窑，愿从者瓜分之。又言子龙乃弥勒降生。子丑年天有大灾，鬼将食人，捐资自投者，给米符可免。

经过一番舆论准备以后，万历十七年（1589年）四月，李圆朗与王子龙遂聚集始兴、翁源两县白莲教徒数百人发起武装起义，分别到东桃等处祭旗鸣金，下令东桃人惊走，因肆焚劫。又出兵攻打南雄府等地，声势甚大。广东官府集乡兵进行镇压，王子龙被斩，李圆朗被俘于四月初九日就义，起义失败。

致仕宁夏副总兵哱拜，因多次受到宁夏巡抚党馨裁抑，其子承恩因强占民女为妾而受到党馨鞭打。加上供给冬布衣、花及月粮银，又不一视同仁。

其属军锋刘东旸、许朝等人对此大为不满，终于在哱拜的极力嗾使下，以不如数发给冬衣布、花、月粮银为借口，于万历二十年（1592）二月十八日早晨纠集部众，发动反叛，杀死党馨和石继芳，放火焚烧公署，劫夺符印，开库发银，释放囚犯，抢掠居民，杀死游击梁琦、守备马承先。强迫张维忠交出敕印、自缢死。

刘东旸遂自称总兵，奉哱拜为谋主，分兵占据城堡，进军各地，进而率兵过河，欲取灵州，联合蒙古套部，“势大猖獗，全陕震动”。

三月初八日兵部尚书、总督魏学曾向朝廷报告哱拜反叛，神宗即诏魏学曾调集大军进剿。

四月十五日，又命李成梁之子、总兵官李如松提督陕西军务，统兵讨伐哱拜。武臣有提督自李如松始。

其后，又先后命董一奎、李蕡和萧如董、麻贵为总兵和副总兵，向哱拜叛军发动进攻。

此后，又命宁夏巡抚朱正色、甘肃巡抚叶梦熊至军中协助李如松。

六月，叶梦熊从甘肃运去神炮火器四百车，征调苗兵，浙江巡抚常居敬亦募浙兵千余人，自备粮饷赴援。诸堡次第收复，惟宁夏镇城（今银川）屡攻不克。

于是官兵分为五路并逼城下。继之，梅国桢、李如松统辽东、宣大、山西兵至，军势大振。六月二十五日官军用布袋三万个，盛土登城。官军又乘势环城筑堤一千七百丈，决水灌城。并击退城外套部援兵。城中粮尽，死者相枕，纷纷要求哱拜投降。

九月初三日浙兵、苗兵、庄浪兵俱云集城下，官军使间计致使承恩与刘东祐等人互相残杀，然后调集各军奋勇登城，哱拜仓皇自缢死，全家自焚。叛军覆没。

十一月十二日，承恩及其党被斩于北京。十二月初八日，以宁夏哱拜平，诏告天下，宁夏叛乱也平。