桓玄又假装表示谦恭，辞去丞相一职，改任太尉，兼任豫州刺史，其余官职照旧。国家大事，都向他咨询，小事才由尚书令桓谦，以及丹阳尹卞范之决定。自从安帝继位以来，会稽王父子，掌权乱政，闹得一塌糊涂。桓玄刚进入建康，罢黜奸佞，招揽贤能豪杰，京城的百姓，欣然盼望治理。过了一个多月，桓玄就奢侈无度，政令失常，朋党纷纷兴起，欺凌侮辱朝廷，甚至宫中的供奉，也暗中克扣。安帝以下，不免饥寒；再加上三吴发生大饥荒，百姓大多饿死。临海、永嘉，又遭到孙恩、卢循等人的侵掠，十室九空，百姓流离死亡，痛苦不堪言。桓玄出兵屯驻姑孰，想要安抚东部地区，于是派人招致卢循，让他担任永嘉太守。卢循虽然接受任命，仍是暗中劫夺，骚扰不停。桓玄却自诩有功，暗示朝廷，记录前后的功勋，加封豫章、桂阳等郡为公。又再次上表辞让不受，暗中指使有关官员为子侄请求封赏。晋廷怎敢不依从，于是封桓玄的儿子桓昇为豫章公，桓玄哥哥的儿子桓濬为桂阳公。乐得炫耀显赫。一面搜求异党，再杀吴兴太守高素，将军竺谦之、刘袭等人。这几个人都是刘牢之的旧将，所以一起遇害。刘袭的哥哥冀州刺史刘轨，邀请司马休之、刘敬宣、高雅之等人，共同占据山阳，想要起兵攻打桓玄，被桓玄提前察觉，发兵控制。刘轨等人自知不能成功，投奔南燕去了。

第二年二月，桓玄上奏表申请，愿意率领诸军讨平关洛，有诏令授予桓玄为大将军。桓玄命令整顿修缮水师，先制造轻快的小船几艘，装载服饰玩物书画。有人问为什么？桓玄答道：“战争凶险，倘若有意外，应当使轻便容易运输，免得被敌人掠夺。”这话说出，大家才知道他借口北伐，其实是为了求封大将军而已。果然不到几天，朝廷旨意又下来，命令桓玄暂缓进军。桓玄借朝廷的命令向将士宣布，不再出兵。一味狡诈虚伪。不久荆州刺史桓伟病死，桓玄让桓修继任。从事中郎曹靖之对桓玄说：“桓谦、桓修兄弟，专掌内外，权势太重，不可不防备。”桓玄于是让南郡相桓石康担任荆州刺史，桓石康是桓玄的堂弟，仍然是桓氏亲属，曹靖之白白费了口舌，反而为桓氏增添了一个羽翼罢了。侍中殷仲文，散骑常侍卞范之，是桓玄的心腹，秘密劝桓玄早日接受禅让，并且由殷仲文起草，代写九锡文及册命，桓玄当然心中欢喜。朝中大臣，都是桓玄的党羽，于是逼迫安帝下诏，册命桓玄为相国，总领百官，晋封楚王，领南郡、南平、宜都、天门、零陵、营阳、桂阳、衡阳、义平十郡，加九锡的典礼，能够设置丞相以下的官属。桓谦晋升为卫将军，录尚书事。王谧为中书监，领司徒，桓胤为中书令，桓修为抚军大将军。

当时刘裕为彭城内史，桓修因此召刘裕秘密问道：“楚王功勋德行崇高，内外都寄予厚望，听说朝廷将要顺从民情，仿照实行揖让的旧例，您认为怎么样？”刘裕应声道：“楚王是宣武公（桓温）的后代，桓温谥号宣武，见前文。功勋德行盖世，应当接受皇位。何况晋室衰弱，民望早就转移，顺应时运禅让替代，有什么不可以？”看到后文，其实是请君入瓮。桓修高兴地说：“您认为可以，还有谁敢说不可以呢？”刘裕暗笑而退。

新野人庾仄，是殷仲堪的旧党，听说桓玄谋划篡夺叛逆，立即纠集众人袭击襄阳，赶走刺史冯该。当下开辟场地设立祭坛，祭祀晋朝七庙的祖宗神灵，举行出师祭祀，传檄文讨伐桓玄，也是像汉代翟义那样的人物，所以特意叙述进来。江陵震动。恰好桓石康到任，率兵攻打襄阳，庾仄出战失败，逃奔后秦。桓玄假装想要避嫌，自己请求回到封地。桓修等人入宫禀报安帝，请安帝亲手写诏书安慰挽留，安帝不得不听从。桓玄又谎称钱塘临平湖突然开通，江州有甘露降下，让百官在庙堂集合庆贺，假传诏令说：“相国至高的德行，感动了神灵，所以才有这样的祥瑞”等等。桓玄又自己想到前代接受天命，大多得到隐士，于是特意征召前朝隐士皇甫谧的六世孙皇甫希之，担任著作郎，又让皇甫希之坚决推辞不就任，然后下诏表彰礼遇，号称高士，当时的人讥笑这是冒充隐士。京城人士有好的书法、绘画，以及好的园林美宅，必定被桓玄所觊觎，常常引诱他们赌博，让他们孤注一掷，得胜就据为己有。生平尤其喜爱珠玉，把玩不释手，到叛逆的阴谋已成，就假传宫内旨意，给桓玄加冕十二旒，树立天子的旌旗，出入戒备清道，车驾用六匹马，乐舞用八佾，妃子可以称为王后，世子可以称为太子。卞范之就代草禅让诏书，逼迫临川王司马宝，带入宫中，胁迫安帝照文抄写，盖上御印，当即发出。过了一夜，逼迫安帝临朝，交出玺绶，派司徒王谧献给楚王，又迁徙安帝出居永安宫。又过了一夜，迁太庙的神主到琅琊庙，逼迫何皇后（穆帝的皇后，曾居永安宫）。以及琅琊王司马德文，出居司徒府。何皇后路过太庙，停车痛哭，哀伤感动路人；后来被桓玄听说，勃然大怒说：“天下禅让替代，不是从我开始，与何氏妇女有什么关系，竟然无端乱哭呢？”你既然要笑，何皇后怎么能不哭？

王谧既然将玺绶献给桓玄，百官又都到姑孰，联名劝进。桓玄命令在九井山北，筑起受禅台，便于元兴二年十二月初一，僭越即皇帝位，改国号为楚，纪元永始，废安帝为平固王，王皇后为平固王妃，降何皇后为零陵县君。琅琊王司马德文为石阳公，武陵王司马遵为彭泽县侯，追尊父亲桓温为宣武皇帝，母亲南康公主为宣皇后，封儿子桓昇为豫章王。其余像桓氏子弟族党，一律封赏，大的封王，次的封公，再次的封侯。过了几天，桓玄乘坐法驾，设置卤簿，驰入建康宫。途中恰好遇到逆风，旌旗都倒下了，等到登上宫殿座位，猛然听到哗啦一声，御座陷落，好像有人在后面推桓玄，险些儿跌下来。