却说桓玄退居江陵，仍然称楚帝，设置百官，任用卞范之为尚书仆射，倚为心腹，自己担心战败以后，威严命令不能施行，于是更加严厉刑罚，喜好杀戮来示威。殷仲文劝桓玄从宽，桓玄发怒道：“现在因为众将失利，天文不利，所以回到旧楚的都城。现在众多小人纷纷乱乱，妄自兴起不同意见，正应当严刑惩治，为何反而说从宽呢？”殷仲文不便再劝，只好退出。桓玄兄长的儿子桓歆，贿赂勾结氐族首领杨秋，进犯历阳，被魏咏之、诸葛长民、刘敬宣等人击败，追到练固，将杨秋杀死。桓玄再派武卫将军庾雅祖，江夏太守桓道恭，率领数千人协助何澹之，共同守卫湓口。见前文。晋将何无忌、刘道规，率兵到桑落洲，与何澹之等人乘船交战。何澹之平时乘坐的船，羽仪旗帜，很是辉煌，何无忌对众将说：“何澹之必定不在这艘船上，无非是虚张声势，迷惑我军，我们应当先夺取此船。”众将说：“何澹之既然不在此船，即使夺得，也没有益处。”何无忌说：“他们人多我们人少，胜负难以预料，何澹之既然不在此船，战士必定薄弱，我们用精兵去攻打，一定能够夺取，夺取以后，他们衰弱我们强盛，乘势追击，打败贼军无疑了。”以实攻虚，也是一策。刘道规也认为是这样，于是派遣精兵去攻打。船中果然没有健将，立即被晋兵夺来。何无忌立即命令军士传呼道：“我军已经擒获何澹之了。”这就是以虚欺实。何澹之军中，听到声音大惊，自己相互喧哗扰乱。就是晋军也认为已经擒获何澹之，勇气百倍，当由何无忌、刘道规，指挥军队进攻何澹之等人。何澹之各军，已经士气丧失，怎能禁得住晋军猛扑，奋勇杀来，顿时逃的逃，死的死，何澹之等人一起逃走。何无忌、刘道规，得以驶入湓口，进驻寻阳，取得晋朝宗庙的神主祐，奉还京城。
桓玄接到何澹之等人的败报，再次大规模召集荆州士卒，得到二万人，楼船数百艘，再次挟持安帝向东进发，亲自前来督战。派散骑常侍徐放先行，进去劝说刘裕等人道：“如果能够撤回军队解散士兵，应当一起重新开始，各自授予爵位，使你们不失去职位。”刘裕等人当然不答应，更调派青州刺史刘毅，以及下邳太守孟怀玉，在寻阳会师，与何无忌、刘道规两军，向西出发抵御桓玄。两军在峥嵘洲相遇，刘毅的军队还不满一万人，见桓玄的军容很是强盛，各自有惧怕的神色，想要退回寻阳。只有刘道规挺身而出道：“行军全在于气势，不在于人数多少，现在想要畏惧胆怯不前进，必定被他们乘机攻击，就算能够返回寻阳，难道就能守住？桓玄虽然外表显示声威，内心其实恐惧，并且前次已经战败奔逃，众人没有坚定的志向，临机决定胜负，就在这一次，怕他什么！”说着，就指挥众人前进，刘毅等人于是击鼓划船随行。双方刚刚交锋，忽然江面上刮起一阵大风，吹向桓玄的船只，刘道规大喜，立即命令军士放火，顺风烧贼。刘毅等人也添加柴火助威，烟焰迷蒙，一起朝着桓玄的船只扑去。桓玄的部众本来就没有斗志，再加上大火冲来，船只大多被焚烧，哪里还敢对敌，当下分散船只大败溃散。桓玄乘坐的船边备有小船，慌忙挟持安帝换船，飞速划船向西逃走。当时何王二后，也被桓玄胁迫随军，躲避大火乱奔，走到巴陵，殷仲文收集散兵，背叛桓玄，奉二后奔往夏口，不久东入建康。只有桓玄挟持着安帝，再返回江陵，桓玄的将领冯该，请求再次整顿军队抵抗，无奈人心离散沮丧，号令不能施行。桓玄不得已在夜间出走，想要逃往汉中，去依靠梁州刺史桓希。刚到城门，忽然暗中有几个人闪出，持刀砍桓玄。桓玄手下还有心腹一百多人，慌忙替桓玄抵挡，桓玄才得以没有受伤。双方互相刺杀，天又昏暗，不能仔细分辨，只是乱杀了一阵，白白地落得肝脑涂地，尸首塞满道路。桓玄单骑逃出，幸好得以上船，等了片刻，只有卞范之跌跌撞撞地跑来，还有宠臣丁仙期、万盖等人，也随后赶到，和桓玄一起向西行去。好算是桓玄患难中的朋友。安帝才没有被挟持走，由荆州别驾王康产，奉安帝进入南郡府舍。南郡太守王腾之，率领文武官员，为安帝侍卫。琅琊王司马德文，始终跟随安帝，不离左右。安帝到这里，才觉得惊魂初步安定，稍微能安稳地睡觉吃饭了。慢着。益州刺史毛璩，之前曾传檄讨伐桓玄，因为被桓希所阻拦，未曾东下。事见前文。有侄子毛修之，担任汉中屯骑校尉，和毛璩通信，他听说桓玄战败向西奔逃，正好设法除掉奸贼，便亲自到桓玄的船边，谎称蜀地没有问题，不妨前往。桓玄已经如同漏网之鱼，脱笼之鸟，只要有路可逃，无不愿意前往，再加上子侄辈陆续聚集，船中也有几十人，乐得一同向西前往，暂且寻找一个安身的地方。日暮途穷，还想选择地方安身吗？恰好宁州刺史毛璠，在任上病逝，毛璠是毛璩的弟弟，由毛璩派遣侄孙毛祐之，以及参军费恬，督护冯迁等人，护送灵柩回江陵，路过枚回洲，正与桓玄相遇。两边都是乘船行进，毛祐之眼快，看见桓玄坐在船中，便远远问道：“逆贼要去哪里？”一声喝问，船中众人一起起身，全都弯弓放箭，射向桓玄的船。桓玄惊慌得很，宠臣丁仙期、万盖，挺身遮蔽桓玄，都被射死。益州督护冯迁，索性督率壮士，跃过桓玄的船，持刀直接进去。桓玄战声道：“你，你是什么人？竟敢杀天子？”冯迁回应道：“我来杀天子的贼臣。”话声未绝，刀光一闪，已经将桓玄的首级砍下。桓玄的儿子桓昇急忙来救护，已经来不及，反而被冯迁等人打倒，捆绑起来。毛祐之、费恬等人，一起到桓玄的船中，杀死桓石康、桓濬，只有卞范之潜水逃走。毛修之拿着桓玄的首级，毛祐之锁住桓昇，一同前往江陵，立即派人迎接安帝，暂且借江陵作为行宫，下诏大赦。只有桓氏不被赦免，命令将桓昇牵出街市斩首。晋升毛修之为骁骑将军，其余的也有不同的封赏，一面传送桓玄的首级，悬挂在大桁示众。
刘毅等人听说皇帝复位，总认为江陵已经平定，不必快速前进，并且连日被逆风阻拦，不便行船，所以沿途停留。哪里知道死灰复燃，余孽再次猖獗。桓玄的侄子桓振，从华容浦纠集部众出来，袭击江陵城。桓谦本来躲避在沮中，也聚集党羽响应桓振，部众又超过一千人。江陵空虚，只有王康产、王腾之守卫，突然被桓振等人攻陷，慌忙抵抗，已经来不及，两人相继战死。桓振跃马操戈，直接进入行宫，向安帝追索桓昇，睁大眼睛竖着胡须道：“我的家族哪里辜负了国家，竟然被屠杀到这种地步？”安帝面如土色，连一句话都说不出来。还是琅琊王司马德文，在旁边代为回答道：“这难道是我兄弟的本意吗！”话语也很可怜。桓振还是不肯收手，挥戈指向安帝。恰好桓谦驰入，斥责桓振无礼，苦苦加以阻止。桓振这才收敛面容下马，再拜而出。过了一夜为桓玄发丧，伪谥武悼皇帝。又过了一夜，桓谦等人率领群臣，奉还玺绶，并且进言道：“主上效仿尧禅让给舜，德行比得上唐尧虞舜，现在楚国的国运不能长久，民心仍然归向晋室，谨将玺绶奉还，以符合众人的期望。”琅琊王司马德文，接过玺绶，交给安帝，又不得不委婉地笼络他们，让他们退下等候诏旨，桓谦等人奉命退出。不久，就有诏命颁发，授予司马德文为徐州刺史，桓振为荆州刺史，都督八郡军事，桓谦再任侍中、卫将军，加授江、豫二州刺史。于是桓氏又得以专政，在皇帝身边侍奉的，都是桓振的爪牙。桓振年轻时无赖，被桓玄所嫉妒，到这时桓振叹息道：“我的叔父不早任用我，以至于失败灭亡；如果叔父还在，我作为前锋，天下早就平定了。现在困居在这里，究竟将归向何处？看来是不能长久维持的。”颇有自知之明。桓谦劝桓振率兵东下，自己守卫江陵。桓振正纵情酒色，肆意杀戮，想要安享几日的威福，怎肯再去迎敌？桓谦只得招募徒众，出去驻守马头，派桓蔚前往戍守龙泉。
刘毅、何无忌、刘道规等人，接到江陵的警报，才击鼓西进，击败桓谦，又分兵再次击败桓蔚，兵势大振。何无忌想要乘胜直接奔赴江陵，刘道规劝谏阻止道：“兵法有屈伸的时候，不可轻率前进。桓氏世代居住在西楚，众小人都为他们竭力，桓振又勇冠三军，难以和他交锋，现在暂且息兵养锐，假装示弱，等他骄傲懈怠，不愁不能取胜。”何无忌不听，率军直接前进。桓振果然倾巢而出作战。冯该、卞范之等人，又先后聚集，与何无忌在灵溪交战。何无忌抵挡不住，前队大多战死，没办法退守寻阳，与刘毅等人上书请罪。刘裕仍然命令刘毅指挥各路军队，只是夺去青州刺史的官职。刘毅整顿部署兵甲，修缮船只器械，再图谋西进。刘敬宣预先储备粮食，拨给各军，所以何无忌等人虽然败退，不至于大受挫折。休养几天后，又从寻阳出发，前往复口。桓振派冯该守卫东岸，孟山图据守鲁山城，桓仙客守卫偃月垒。共计一万人，水陆互相支援。刘毅攻打孟山图，刘道规攻打偃月垒，何无忌遏制住中流，抵御冯该，从辰时到午时，晋军大胜，擒住孟山图、桓仙客，只有冯该逃往石城。刘毅等人进拔巴陵，军令严整，不准侵犯掠夺，百姓安居乐业如同平常。
刘裕又任命刘毅为兖州刺史，规划收复江陵。当时益州刺史毛璩，从白帝城率兵出发，袭破汉中，得以诛杀桓希。桓氏的势力日益窘迫，只有荆襄还被他们占据。桓振让桓蔚驻守襄阳，勉强度过了残年。一到正月，南阳太守鲁宗之，起兵讨伐叛逆，攻入襄阳城。桓蔚逃回江陵，刘毅集合各军，再次攻打马头。桓振挟持安帝出屯江津，派使者请求割让江、荆二州，然后送回天子。刘毅不答应。桓振正想拒战，没料到鲁宗之攻入柞溪，击败桓振的将领桓楷，进驻纪南。桓振不得不回去防备鲁宗之，留下桓谦、冯该、卞范之守住江陵，监视安帝兄弟。桓谦派冯该堵截豫章口，被刘毅等人击败，再逃奔石城。刘毅等人直到江陵城下，纵火焚烧城门，桓谦等人弃城向西逃走。只有卞范之走得迟了一步，被晋军拦住，拿下处斩。随即扑灭余火，指挥军队入城。卞范之到这时候才死，总算桓氏的异姓忠臣。桓振到了纪南，击退鲁宗之的军队，返回救援江陵，途中望见起火，料想城已被攻陷，部众溃散，桓振无路可归，逃往涢川。安帝再次得以复位，改年号为义熙，再次下达赦诏，只有桓氏仍然不被赦免。前丰城公桓冲，对王室有功，特别赦免桓冲的孙子桓胤一人，迁徙到新安居住。晋升刘毅为冠军将军，所有行宫的政令，都归刘毅主持。任命鲁宗之为雍州刺史，毛璩为征西将军，都督益、梁、秦、凉、宁五州军事。毛璩的弟弟毛瑾为梁、秦二州刺史，毛瑗为宁州刺史，派遣建威将军刘怀肃，追剿桓氏余党，阵斩冯该。桓谦、桓蔚、桓楷、何澹之等人，都向西逃往后秦。
恰逢建康留台，准备好皇帝的车驾，来迎接安帝。何无忌侍奉安帝东归，留下刘毅、刘道规驻守夏口，江陵归荆州刺史司马休之入驻，没想到桓振再次收拢残余部众，又从涢川进袭江陵。司马休之没有预先防备，仓促出战，吃了一个败仗，逃奔襄阳。桓振再次进入江陵，自称荆州刺史。建威将军刘怀肃，急忙率军救援江陵城，刘毅又派遣广武将军唐兴作为助力，夹击桓振。桓振在沙桥出战，还靠着一把大刀，盘旋飞舞，乱劈晋军。刘怀肃向来知道桓振厉害，早就准备着强弓硬箭，与他对敌，兵刃刚一交锋，便命令军士弯弓连续射箭，箭像骤雨一般。桓振的部众死了一半，逃走了一半，那时桓振也没办法支撑，拍马想逃，偏偏马已中箭，摔倒在地上，桓振也坠马。刘怀肃急忙抢前一步，手起刀落，把桓振砍成两段。桓氏后起的悍将，到这时才死光。江陵城当然夺回。
只有益州刺史征西将军毛璩，得知江陵再次陷落的消息，集合部众三万人，向东出发讨伐桓振。派弟弟毛瑗从外水出发，参军谯纵从涪江出发，偏偏蜀人不愿意远征，多有怨言，谯纵的部将侯晖，与巴西人阳昧合谋，逼迫谯纵为主。谯纵不敢接受，自己投水，又被侯晖等人捞起，再三坚决请求，胁迫谯纵上车，去攻打秦、梁二州刺史毛瑾。毛瑾在涪城，听说变乱调兵，一时无法召集，就被侯晖等人攻陷，把毛瑾杀死，于是推举谯纵为梁、秦二州刺史。毛璩行至略城，才知道谯纵等人作乱，急忙赶回成都。急忙派参军王琼，率领三千人讨伐谯纵，又让弟弟毛瑗领兵四千，作为后援。王琼到广汉，恰好遇到侯晖率众阻拦，当即由王琼指挥士兵杀去，击毙侯晖部众数十名，侯晖就引退。王琼乘胜急追，毛瑗也从后面跟进，追到绵竹，没料到谯纵的弟弟谯明子，奉了兄长的命令，暗中设置两重伏兵，悄悄等着。王琼陷入第一重伏兵中，还没有察觉，等深入到第二重，前后胡哨大作，伏兵一起杀出，把王琼困在核心，王琼拼命冲突，竟然出不来。到毛瑗的兵到，杀开血路，救王琼出来，王琼的部众已经十死八九，就是毛瑗麾下，也战死了一半。毛瑗与王琼逃回成都，侯晖、谯明子等人追到成都城下，日夜攻扑。益州营户李腾，偷偷打开城门，引入外敌，毛璩和毛瑗，来不及逃避，都被杀害。侯晖、谯明子，于是占据成都，迎接谯纵为主。谯纵让堂弟谯洪担任益州刺史，谯明子担任征东将军，兼任巴州刺史，派他率领部众五千，出兵驻守白帝城，于是全蜀大乱，汉中空虚。氐族首领仇池公杨盛，得以派遣侄子杨抚，乘虚袭据汉中，其余地方大多归入谯氏。晋廷正在搜捕桓氏余孽，无暇西顾，谯纵得以安然做成都王，霸占一隅了。谯纵占据蜀地，不在十六国之列。且说晋安帝东还建康，留台的诸位官员，到宫阙等待治罪，有诏令一律恢复官职，任命琅琊王司马德文为大司马，武陵王司马遵为太保，刘裕为侍中，兼任车骑将军，都督中外诸军事，领青、徐二州刺史。刘毅为左将军，何无忌为右将军，分别督管扬州、豫州诸军事。刘道规为辅国将军，督管淮北诸军事。魏咏之为征虏将军，兼任吴国内史。其余官员也有不同程度的晋升。只有刘裕坚决推辞不接受，安帝还以为他未满足愿望，用优厚的诏书安慰勉励，再加刘裕录尚书事。刘裕又上表推辞，并且恳请调任外镇。居心可想而知。于是改授刘裕都督荆、司、梁、益、宁、秦、雍、凉诸州军事，连同之前的扬、徐等八州，合成十六州都督，驻守京口，刘裕这才接受任命离去。已经将东晋的江山，一大半掌握在手中了。
先前，刘毅曾经是刘敬宣的宁朔参军，当时有人称刘毅为雄杰，只有刘敬宣说他“内心宽容外表猜忌，夸赞自己轻视别人，将来得志，必定欺凌上级招致灾祸”等等。刘毅得知这话，怨恨很深。等到刘敬宣因功加赏，擢升为江州刺史，刘毅派人对刘裕说：“刘敬宣没有参与义谋，授予郡守，已经过于优厚，现在越级任用到江州刺史，难道不让人惊讶吗？”这就是夸赞自己轻视别人的一个方面。刘裕却没有依照刘毅的建议。刘敬宣已经有所听闻，自己请求解除职务，于是召回担任宣城内史。刘毅又与何无忌等人，分别讨伐桓氏余党，所有桓亮、桓玄等遗孽，全部扫荡平定。荆、湘、江、豫四州，从此肃清。有诏令命刘毅都督淮南五郡，何无忌都督江东五郡，晋室大致安定。只有永安何皇后从巴陵回到都城后，年已六十六岁，多次经历跋涉，饱受惊吓，就一病去世，追谥为章皇后。了结何后，笔墨不疏漏。当时，宫廷虽然经过丧乱，但大恶已除，人心自然盼望治理，都盼望太平。只有一个彭泽令陶潜，是已故大司马陶侃的曾孙，表字元亮，一字渊明，只因郡中派来督邮，县吏说应该束带出去迎接。陶潜感慨叹息，说不能为五斗米折腰，于是在义熙二年，解下官印离开县衙，归隐栗里，自作《归去来辞》表明高远的志向。后来诗酒自娱，屡次征召不出来；到了刘宋开国，还去征召，仍然不就，最终得以寿终，这也是在危险的国家不居住，无道就隐居的意思。不埋没高士。