话分两头，内廷的事花好月圆了，结果算是皆大欢喜。可朝堂上的事，却正在发生微妙的变化。原来皇帝朱由校把所有的精力都用到了研究“时空穿梭机”上，国事基本全部交由内阁处理。这期间，整个朝堂看似平静如水，实则暗流涌动，原本平衡的政治生态正在逐渐产生倾斜。首先是内阁大臣们开始结党营私，秘密拉拢文武百官，不断发展和壮大自己的势力。其实朋党之争自大明朝建立之初就已经存在，后来竟越演越烈。原因就在于，大明开国皇帝朱元璋在制定国家管理制度的时候，就有很大的缺陷。
朱元璋建立明朝以后，一开始无暇顾及政治体制设计，直接照搬元朝模式，当时御史势力极大，国家设立三大府：中书管行政事务，都督掌管军队，御史管监督和纠察。随着局势稳定，朱元璋又觉得元朝宰相权力太大，于是根据元朝的灭亡教训，朱元璋设计了明朝的体制：即废宰相制度，改设内阁，加强君主权限，于此同时，朱元璋还设立了都察院，由都察院的御史大人们负责监督朝廷上下的吏治问题，充当天子的耳目。
朱元璋由此认为：先是通过文官来管理武将，可以防止军队造反，而文官集团没有了宰相这个百官之首，自然也就形成不了合力。加上御史的监督，也可以让朝廷的风气、地方的吏治受到震慑。同时，御史的级别主体又上较低，因此可以限制御史弄权。
表面上看，朱元璋的设计看似很科学、很合理，大明有这样出陈革新的制度加持，必然可以千秋万代。但是，历史却并没有按照朱元璋的思路而前进。
朱元璋的制度存在两个非常大的缺陷，一是忽视了执行力的问题。之所以古代朝廷设立宰相，并非皇帝愿意把让权力让给大臣，而是因为管理一个帝国，需要宰相这个角色，来作为百官之首，统辖全局，维持朝廷运作。就好像现代的上市公司，董事长不可能事必躬亲去负责每一个部门吧？还得高薪聘期一个专业的CEO来管理，否则董事长哪里还有时间去思考和应酬？并且董事长操心的是宏观大局，具体业务他也不一定熟悉。朱元璋虽然废除了宰相这个职务，改设内阁。但是事实上，内阁在明朝中期，还是行使了宰相的权力，扮演了宰相的角色。而内阁的首辅大臣，更是事实上的宰相。只不过内阁大臣众多，分歧点也多，内阁内部一但形成朋党之争，那就会把局面越发的复杂化。二是人性问题。制度设计得再好，但是其执行和运作，终究是要靠一个个具体的官吏，毕竟得到权力是每个有能力有野心的大臣的梦想。因此，想要弄权的大臣，往往需要在朝廷里面组建自己的势力。各官职、各岗位看似能很好的进行相互监督，可是时间长了，人性的弱点开始作祟，各种宗族关系、姻亲关系、同学关系、老乡关系、师生关系交织一起，千丝万缕，鱼龙混杂，现实变成：大家要么“井水不犯河水”，“做人留一线，日后好相见”；要么“你好、我好、大家好”，相互包庇纵容，相互勾结，官官相护。这就导致了朝廷中，大大小小的山头林立，最终，形成了朋党模式的雏形，并且这种雏形随着明朝立国日久，而不断得到强化。
如今朱由校也看出了内阁大臣们填不满的私欲，那些个三朝元老们，如今大权在握，已经开始蠢蠢欲动。为了遏制内阁大臣的势力，朱由校下诏：当天内阁批阅过的所有奏折，都需呈交皇帝亲自过目；超过五千两银子的项目必须由皇帝亲自审批；凡7品以上官员的人事任免和调整，必须由皇帝亲自把关。
诏书一下，满朝哗然。文武百官都感觉到了压力，有的甚至惶恐不可终日，以为皇帝下一步可能要有大的动作。想不到三个月过去，皇帝除了每日亲自批阅外，并没有什么反常的举动，大家这才松了一口气。
三个月的时间，耗费了朱由校大量的时间和精力，他几乎已经好久没去搞研究了，他的秘密团队一度处于停工状态。这天，客氏对心身疲惫的朱由校说道：“陛下，我看你每日熬夜批阅奏折，眼睛都快坏了，这样下去如何得了？不如找几个助手来协助你吧！”朱由校打着哈欠问：“怎么协助啊？谁能帮朕呢？”客氏道：“陛下就选几个稳妥忠心、又识得文字的太监宫女来，每天给你读奏折，这样你就不用去看那些蝌蚪大的文字，就不用伤筋费脑了。”朱由校一听有道理啊，这不就是现代人戴着耳机办公么？一来可以听奏章内容，二来手上还可以做点别的事情，两不耽误。于是这个规矩就在深宫里秘密实施了起来。为了帮助李敬的事业更上一层楼，客氏悄悄把他安排到了读奏章的人员之中。
就这样，朱由校每天一边听着奏折，一边手里还不停倒腾着各种图纸，有时候手上的活过于痴迷，没有认真去听奏折，就会让太监们再读一遍。有时候，朱由校会听完奏折的内容后会大骂几句，有时候又赞不绝口。日子久了，居然还是跟太监宫女们唠上几句。太监宫女们受过严格的训练，又被皇后再三叮嘱过，不得干涉朝政，只得把内容读出来，出去也不能透露奏折上的半个字，否则立即杖毙。所以太监宫女们就像机器人一样，皇帝自管说他的，他们却连哼一声都不敢。
倒是这个李敬，他从小混迹于三教九流中，见多识广，脑子又灵活，情商极高。当朱由校自言自语的时候，他渐渐的居然敢随声附和几句。朱由校见他聪明过人，就让他做了个带班太监，管着读奏折的几个宫女和太监。几个月后，皇帝居然在审批的时候会问他的意见，他也尽心尽力的回答，妙招很多，为皇帝解决了很多难题。皇帝从此对他刮目相看，又因他武艺高强，曾带他执行过不少秘密任务，所以特封李敬为司礼秉笔太监。司礼监秉笔太监是明代宦官制度中位尊权重仅次于司礼监掌印太监的一个职务。司礼监秉笔太监除了握有批红的权力外，一般还兼任提督东厂。这样一来，李敬忽然间成了皇帝身边的红人，位高权重，掌握了绝对的权利。
后来李敬把皇帝的性格脾气拿捏准以后，胆子更大了。比如他经常在皇帝倾心专研技术的时候去汇报奏折的事，开始都是些芝麻蒜皮的小事，皇帝一听，烦死了，就让李敬直接处理。结果发展到最后，比如拨款、人事任免等大事，李敬也轻描淡写的汇报，忙于思考的朱由校有时候连听都没听完，就挥挥手，让李敬处理。李敬从此登上了人生巅峰，朝廷的大事小事，皆在他的掌控中。
一个宦官掌握着如此大的权利，再加上李敬不断的扩张自己的势力，这立即引起了朝臣们的不满，于是有很多人向皇后告状，说李敬干政。皇后知道以后，就婉转的跟朱由校提过此事，可此时的朱由校已经疯一般的投入到研究中，根本无心管这种事。另一方面，朱由校觉得一个太监，完全在自己的掌控之中，大臣们是因为利益受损了才告状的，很正常。皇帝就是要故意让各方势力均衡发展，否则就会造成一方独大，祸害朝纲。这也是皇帝最基本的御人之术。可让皇帝万万没想到的是，李敬从此对皇后恨之入骨，甚至皇后列为了头号敌人，想方设法迫害皇后。其他官员那就更不用说了，只要稍微得罪到李敬及其党羽，就会被迫害，直到家破人亡。
此时，吏部顾宪成组织了一批江南士大夫，重新翻修了宋代讲学旧址“东林书院”，用于讲学及聚会。士人们讽议朝政、评论官吏，他们要求廉正奉公，振兴吏治，开放言路，革除朝野积弊，反对权贵贪赃枉法。这些针砭时政的主张得到当时社会的广泛同情与支持，同时也遭到李敬等宦官及其依附势力的激烈反对。
两者之间因政见分歧发展演变形成明末激烈的党争局面。反对派将东林书院讲学及与之有关系或支持同情讲学的朝野人士笼统称之为“东林党”。顾宪成、顾允成、高攀龙、安希范、刘元珍、钱一本、薛敷教、叶茂才等人被称为“东林八君子”，他们发起东林大会，制定了《东林会约》，规定每年举行一、二次大会，每月召开一次小会。
东林学派的兴起，标榜气节，崇尚实学，对于扭转士风起了积极的作用。他们在讲学中经常触及社会现实问题，议论如何改变政治腐败、民不聊生的状况。东林书院既讲学又议政，吸引着许多有志之士，包括一些因批评朝政而被贬斥的官吏。他们不顾路途遥远，纷来沓至，人数之多，竟使东林书院的学舍都容不下了。一部分在朝任职的正直官员，也同东林讲学者遥相应合。东林书院实际上成了一个舆论中心，这里的人们逐渐由一个学术团体形成为一个政治派别。
而与东林党作对的各派官员便纷纷投靠到李敬门下，形成一股强大的势力，人们称它为“阉党”。阉宦得势，首辅、东林党人叶向高被打压后辞官。内阁中的其他东林党人也一起遭到罢黜。阉党顾秉谦升为首辅，控制整个内阁。
李敬又和锦衣卫都督田尔耕勾结，利用东厂和锦衣卫这两个特务机构钳制百官，镇压异己。其党羽在内官有王体乾、李永贞等30余人为左右拥护；在外廷有崔呈秀等五个出谋划策的文臣，号称“五虎”；有田尔耕等五个负责捕杀、镇压异党的武臣，号为“五彪”。此外，还有所谓“十狗”、”十孩儿”、“四十孙”等大小爪牙。当时，从朝廷内阁、六部至四方总督、巡抚，无不遍置阉党。
以李敬为首的阉党和东林党之间的争斗就这样开始了，数以万计的官员不断被提拔，又不断被迫害。政治上，每位官员必须站队，站错了，立马人头落地。就算站对了，也只是暂时的飞黄腾达，说不定某一天，下场还是人头落地。整个朝廷乌烟瘴气，血雨腥风，人人自危。
按宫中规矩，宫内、女婢、乳母等应该住在西二所，但客氏却被破例允许住在咸安宫，因为她每天早晨都到乾清宫照顾皇帝起居饮食，还以她的名义进“家膳”，叫做“老太家膳”。原来，朱由检吃不惯宫中御膳房的美味佳肴，却偏偏喜欢客氏做的饭菜，尤其喜欢客氏把猪肉、蘑菇、鸽子、海鲜、辣椒等十多种菜肴放在一起乱炖，这道菜又鲜美又下饭，对于忙于研究的朱由校来说，没有什么比这更好的饭菜了，又好吃，又简单，又方便，跟现在的烩饭差不多，他三天吃不到这道菜就嘴馋了。此事传开后，还曾有一位文官诗赋一首曰：
大官炰脍惜芳牙，玉食须供自外家。
乞得余泔争问讯，珠盘擎著漫矜夸。
这天，客氏又来给朱由校送餐。闲谈中，客氏忽然指着在一旁伺候着的太监李敬说道：“这李敬已入宫多年，伺候过先帝爷，现在又有幸在陛下身边鞍前马后的效劳，为陛下分忧解难，看在他忠心耿耿的份上，不如请陛下给他点赏赐吧。”其实客氏的心里想的是，趁着现在皇帝如此喜欢李敬，希望李敬向皇帝求情，让他们两个有情人在一起。那个时代，老宫女和老太监搭伙过日子的例子不少，所以说这个请求并不过分。想不到李敬却开口道：“能伺候皇上，那是奴才上辈子修来的福分，奴才不要赏赐，只求皇上给我赐名就足也。”皇帝赐名，那是何等的荣耀，虽不及封侯拜相，但仅凭皇帝赐予的名号，在整个朝野还有谁敢直呼其名？还有谁能不认识自己？这李敬果然奸猾，步步为营，稳扎稳打。
朱由校笑着说道：“客妈妈，你说说，他叫什么好呢？还是你给他取个名字吧，哈哈哈”
这客氏虽然心里一万个不高兴，但此时不便发作，也只能附和着说道：“我一个老婆子，哪敢在陛下的面前班门弄斧啊？不过既然陛下让老生去，老生就只能遵旨啦。嗯……我看李公公有些悟性，希望他给陛下做个忠心耿耿的奴才，而且要做个知恩图报的贤良奴才，就叫忠贤！陛下您看行不行？”
朱由校边吃边说道：“行行行，一个名字嘛，称呼而已，就叫他忠贤吧。”
这时李敬赶紧跪在地上扣头道：“谢陛下赐名，谢主隆恩！”